软件定制开发在纳税方面主要涉及增值税、企业所得税和个人所得税。以下是具体的纳税方法和流程：

增值税

一般纳税人：增值税税率为6%。一般纳税人可以抵扣进项税额，但需要更为严格的账务处理和发票管理。

小规模纳税人：增值税征收率为3%。小规模纳税人享受较低的税率，但不能抵扣进项税额。

核定征收：对于月营业额在2万元以下的企业，免征增值税；月营业额在2万-5万元之间的部分，按0.6%的税率征税；月营业额在5万-10万元之间的部分，按1%的税率征税；月营业额在10万元以上的部分，按1.8%的税率征税。

企业所得税

一般税率：企业所得税的法定税率为25%。

优惠政策：符合条件的高新技术企业可以享受15%的优惠税率；小型微利企业适用的税率为20%；国家规划布局内重点软件企业适用的税率为10%。

研发费用加计扣除：企业可以将研发费用加计扣除，以降低应纳税所得额。

个人所得税

工资薪金所得和劳务报酬所得：软件开发企业需要为员工代扣代缴个人所得税。

其他税种

城建税：根据纳税人所在地的不同，税率可能为7%、5%或1%。

教育费附加和地方教育费附加：通常按照增值税的一定比例缴纳，例如教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。

印花税：合同按金额的万分之三贴花。

纳税流程

注册公司：选择公司类型，如有限责任公司或股份有限公司。

选择纳税人类型：一般纳税人或小规模纳税人。

申报增值税：根据销售额和税率计算应缴纳的增值税，并按时足额缴纳税款。

申报企业所得税：根据企业利润情况计算应缴纳的企业所得税，并享受相关优惠政策。

享受税收优惠政策：如高新技术企业认定、研发费用加计扣除等。

企业在进行软件定制开发时，应根据自身情况选择合适的纳税人类型，并合理利用税收优惠政策，以确保合规申报和减轻税负。同时，企业应确保增值税发票的真实性和合法性，按时足额缴纳税款，以避免滞纳金和罚款。