菏泽软件著作权的收费标准如下：

计算机软件著作权登记费

基础费用：250元/件次。

多种文档登记：每增加一种文档，增收80元。

例外交存手续费：320元/件次。

软件著作权合同登记费

每次100元。

软件著作权合同登记证书费

50元/件。

变更或补充登记费

150元/件次。

请求延期处理费

第一次100元/件次，第二次200元/件次。

软件源程序封存保管费

100页内120元，超过100页的，每增加1页增收2元。

其他费用

软件权利转移备案费（转让或许可）：300元/件次。

软件著作权续展费：550元/件次。

软件著作权登记证书、软件权利转移备案证书和软件著作权续展证书费各为50元/件。

异议请求费：150元/件次。

复审请求费：150元/件次。

查询费（如计算机信息库查询费、文摘库查询费等）。

建议：

在申请软件著作权时，需要根据具体需求选择相应的登记项和附加服务，并提前了解各项费用，以便做好预算和准备。

如果涉及软件权利的转让或许可，还需要支付额外的备案费用。

软件著作权续展费用也需要按时缴纳，以确保软件著作权的持续有效性。