法院对软件的鉴定通常采用以下几种方法：

实质性相似加接触分析法

实质性相似：对比两项程序之间的形式与内容上是否存在相似性，包括源代码、目标代码、逻辑设计、程序结构和外观感受等方面。

接触分析法：考察被告是否有接触过原告软件的行为，如复制、参考等。

抽象-过滤-比较分析法

抽象：将软件分解为基本的元素和结构。

过滤：去除明显不属于侵权的部分。

比较：对比剩余部分，判断是否存在实质性相似。

创意/表达分离原则

根据这一原则，计算机软件的保护主要集中于表达形式，而非创意或思想。

代码相似性

通过逐行对比被怀疑侵权的软件代码与享有著作权的软件代码，判断是否存在实质性相似的部分。

功能与结构对比

除了代码，还需对比软件的功能和结构，如果主要功能和整体结构框架相近，也可能构成侵权。

接触证据

证明被告是否有机会接触到原告的软件，如通过公开发表、错误存在、相同特点或技巧等方面。

其他证据

参考侵权行为表现、合同、通信记录等其他证据，综合考量以准确鉴定软件著作权是否侵权。

建议

在进行软件侵权鉴定时，法院通常会综合考虑上述多种方法，以确保判断的准确性和公正性。对于涉及复杂技术问题的案件，可能还需要借助专业的计算机司法鉴定机构或专家的帮助。此外，保护软件著作权时，了解并应用创意/表达分离原则，有助于更有效地维护软件权利人的合法权益。