软件服务公司在缴税时，需要遵循以下步骤和注意事项：

确定纳税人身份

一般纳税人：适用13%或6%的增值税税率，具体税率取决于公司提供的软件产品或服务的类型。一般纳税人可以使用收到的进项发票进行抵扣。

小规模纳税人：适用3%的增值税税率，无法进行进项税额的抵扣。

计算增值税

销项税额：根据公司提供的软件产品或服务的金额计算。

进项税额：从采购过程中支付的增值税中抵扣。

应纳税额：销项税额减去进项税额。

申报和缴纳增值税

按月或按季度进行增值税申报，并在规定时间内足额缴纳税款。

计算企业所得税

应纳税所得额：收入总额减去成本、费用、税金、损失及其他扣除。

适用税率：通常为25%，但高新技术企业可享受15%的优惠税率。

研发费用加计扣除：可按实际发生额的175%在税前扣除。

代扣代缴个人所得税

在支付员工工资、奖金和其他收入时，需代扣代缴个人所得税。

其他附加税

包括城建税和教育费附加、地方教育附加等，这些税种的税率因地区而异。

利用税收优惠政策

申请高新技术企业认定，享受15%的企业所得税优惠税率。

新创办软件企业可享受“两免三减半”的优惠政策。

对国家鼓励的重点软件企业，未享受免税优惠的减按10%的税率征收企业所得税。

税务登记和申报

进行税务登记，获得税务局的税号，合法进行纳税申报。

填写增值税申报表和其他相关税务表格，确保真实性和准确性。

按时足额缴纳税款

避免因迟缴或漏缴税款而产生滞纳金和罚款。

通过以上步骤，软件服务公司可以确保合规缴税，同时合理利用税收优惠政策，降低税务负担。建议公司在实际操作中咨询专业的税务顾问，以确保税务处理的准确性和合法性。