在使用开票软件开具发票后，税款的自动扣缴流程如下：

确保会计系统配置正确

确保会计系统已经正确配置了税务信息，包括税率、税种等。

完成发票开具

在开票系统中完成发票开具，系统会自动将发票信息同步至会计系统。

进入税务管理模块

进入会计系统的税务管理模块，选择“税额扣税”功能。

自动匹配并扣除税额

系统会根据预设规则自动匹配并扣除相应的税额，财务人员只需确认无误后保存即可。

此外，对于一般纳税人而言，在税务申报时，需填报应缴纳的税款金额。该金额根据企业当期的销售额和进项税额计算得出。税务系统会自动核对企业的申报数据，并计算出实际应缴纳的税款金额。企业需确保账户中有足够的资金以支付税款，以避免税务违规的风险。

建议：

企业应定期检查和更新会计系统和开票软件的税务配置，确保其与实际业务相符。

在开具发票后，及时进行税额的自动扣缴，避免因延迟扣缴导致的税务风险。

在申报增值税时，确保所有进项税额的发票都已正确认证和抵扣，以最大化企业的税收优惠。