软件开发合同的备案流程主要包括以下几个步骤：

准备完整的合同文件

合同应包括项目的详细描述、开发周期、费用安排、双方的权利义务等。

合同需签署双方代表的名字，并附有公司印章和签署日期。

技术细节、交付标准和验收标准也需要清晰明确。

申请用户密码

需要去技术市场登记处办理，带上公司执照复印件和申请表。

网上申报

进入系统后，进行在线填写相关的信息内容。

提交时可以选择离自己近的登记机构。

材料报送

技术开发合同备案需要准备技术开发合同2份（可一份原件、一份复印件）、技术方案1份。

技术服务合同和技术转让合同也需要准备相应的材料，如技术服务合同2份（可一份原件、一份复印件）、技术转让合同2份（可一份原件、一份复印件）、著作权复印件1份等。

备案成功

提交材料后，等待备案机构审核通过，审核通过后会发放备案证明。

核定收入

填写核对收入表格，提供发票复印件及原件，带上公章、财务章、法人人名章进行现场盖章。

其他注意事项

确保合同内容合规合法，避免日后出现争议。

如果合同享受减免税政策，还需到技术市场服务中心进行复核认定。

具体的备案机构可能因项目所在地或行业要求而有所不同，建议选择相应的政府部门或备案平台进行操作。同时，建议在备案前咨询专业的律师，以确保合同的合法性和有效性。