软件可以通过以下几种方法来判断时间是否被修改：

记录用户操作日志

软件可以记录用户的操作日志，包括时间戳和操作内容。通过比较最后一次访问License验证的时间和系统时间，可以判断系统时间是否被修改。

获取软件运行的参考时间

在软件运行过程中，可以获取软件运行的参考时间（即软件运行的历史时间）。然后，将当前时间与参考时间进行比较，如果当前时间没有超过参考时间，则确定软件运行的时间被篡改。

使用Web服务获取网络时间

软件可以通过Web服务获取网络时间，并将其与系统时间进行比较。如果两者不一致，则说明系统时间可能被修改。

监控文件修改时间

对于某些文件，软件可以监控其修改时间。如果文件的修改时间发生变化，可以触发警报或记录，从而判断文件的时间是否被修改。

系统事件日志

在Windows系统中，可以通过事件查看器（Event Viewer）来监控系统时间的修改。如果有人修改了系统时间，会在安全性日志中留下相关记录。

这些方法可以帮助软件检测到时间被修改的情况，并采取相应的措施来保护软件版权和安全。