软件系统收税主要涉及以下税种和流程：

增值税

一般纳税人：销售自行开发生产的软件产品，按13%的税率征收增值税。实际税负超过3%的部分，实行即征即退政策。

小规模纳税人：适用的税率为3%。

增值税即征即退：退还比例通常为实际缴纳增值税额的70%左右。

企业所得税

标准税率：25%。

优惠政策：

高新技术企业：适用的税率为15%。

小型微利企业：适用的税率为20%。

国家规划布局内重点软件企业：适用的税率为10%。

两免三减半政策：新成立的软件企业自获利年度起，前两年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。

研发费用加计扣除：可以降低企业的应纳税所得额。

其他税费

城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加：通常与增值税等流转税相关联，按照规定比例征收。

印花税：购买计算机软件的合同属于动产买卖合同，需要按照印花税的规定缴纳印花税。

个人所得税：支付员工工资和奖金时需要代扣代缴个人所得税。

缴税流程

注册公司：企业需先注册公司并选择纳税人类型。

申报增值税：按照规定计算并申报应缴纳的增值税。

申报企业所得税：根据企业利润情况申报企业所得税，并享受相关优惠政策。

享受税收优惠政策：企业需提交相关申报材料，并通过税务机关的审核以享受各项税收优惠政策。

建议：

软件开发企业应充分了解当地的税务法规，合理规划税务策略，以降低税务负担，提高企业的经济效益。

及时进行税务申报，确保真实性和合法性，避免滞纳金和罚款。

充分利用税收优惠政策，如研发费用加计扣除、高新技术企业优惠税率等，进行合理的税务筹划。